“方证相关”是中医辨证论治的核心,是方剂学中一个重要的逻辑命题。“方证相关”所蕴涵的重要科学问题是方与证间的关联性大小及其现代生物学基础。其内涵研究应该遵循以下几个原则:选择典型方证作为研究对象；坚持“病证结合”的原则；充分运用现代系统生物学的方法；重视“方”“证”的相互作用,尤其要重视“方”的治疗作用,做到“以方测证；研究思路上要先进行方证关联性大小的比较研究,确定关联性最大的一对方证,进而对其“方证相关”的机理进行现代生物学基础研究。